改善作物品质

微生物肥料能改善作物品质已是不争的事实。某些微生物肥料即使没有明显的增产作用，但仍然能改善作物品质。施用微生物肥料能够在明显提高蔬菜含糖量和维生素C含量的同时降低蔬菜的硝酸盐含量。微生物肥料对水果品质的影响也比较明显。
 

    改善土壤结构

长期施用微生物肥料，能够恢复土壤团粒结构的形成，起到疏松土壤、消除土壤板结、改善土壤结构的作用。据报道，在北方寒地黑土上连续3 年施用土壤磷素活化剂，土壤容重下降0.1~0.3，疏松土壤效果非常显着。也有研究表明施入微生物菌肥后，由于微生物大量繁殖，促进了土壤中有机质的释放，改善了土壤的理化性质，增加了土壤团粒，改善了土壤结构。

    减轻病虫药害

PGPR的研究与应用给这方面提供了很好的证据。PGPR还可以产生胞外溶解酶(selerotium)、氰化氢(Tnielaviopsis)改变微生态环境。还有研究认为，PGPR接种后，能够促使根内水质素的增加，从而促进作物强壮，产生抗逆能力。

    增加作物产量

可能对于接触过微生物肥料并且使用过有效果的朋友来说，会觉得它肥效高，把它当万能肥料，甚至认为完全替代化肥，但是对另外的人来说则认为它不能属于肥料，不使用或者仅作为配肥使用。这两种看法都是存在片面性的。首先，微生物肥料与富含氮磷钾的化学肥料不同，微生物肥料是通过微生物的生命活动直接或间接地促进作物生长，抗病虫害，改善作物品质，而不仅仅是以增加作物的产量为唯一的标准。其次，从目前的研究和实验结果来看，微生物肥料不能完全取代化肥，但在同样有效产量的构成情况下，可不同程度减少化肥使用量。

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